本院的主管機關是教育部，教育部會依據相關法令對本院的教學、研究、招生等進行監督、評鑑與指導。除此之外，2016及2017年管院各系所與中央或地方政府單位的合作案件中，六成以上的案件與南部地區政府（台南、高雄 、屏東）相關。例如，管院的社會企業發展中心與勞動力發展署合作推動社會企業計畫；創意與創新研發中心承接教育部的計畫，在高屏偏鄉社區深耕，發展地區特色、家園築夢計畫；公事所與高雄市政府合作，推動公民參與計畫，讓市民參與討論與提案。
另在政府的委託下，管院經常協助授課並規劃相關課程，替政府培養人才，例如國際人才培育中心及人力資源管理所之教師，在台北、台中、高雄支援國際人力資源、國際行銷、領導力等課程。管院教師亦為中央政府單位、地方政府單位、公營企業提供諮詢或顧問服務，例如擔任獨立董事、審查委員、召集人等。